Osmanlı Devleti'nde ilk tıbbiye mektebi 1827 yılında Sultan II. Mahmud tarafından açıldı. Bu okul sadece askerî doktor yetiştirmekteydi. 1866'da Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye kurularak sivil doktor yetiştirilmeye başlandı. Fakat bu okullar geniş sınırlara sahip olan Osmanlı Devleti'nin doktor ihtiyacını karşılamak için yeterli değildi. Ortaya çıkan bu boşluk yabancı doktorlar ile giderilmeye çalışılıyor, bunlar da dil bilmedikleri için yeterince faydalı olamıyorlardı. 1890 yılından itibaren Osmanlı coğrafyasında görülmeye başlanan ve etkisini on yıl kadar sürdüren kolera hastalığı ile büyük bir salgına dönüşen frengi, taşrada doktor ihtiyacını iyiden iyiye arttırdı.

Bu ihtiyacın dışında Osmanlı tebaasından doktor yetiştirmeyi zaruri kılan başka bir gelişme ise 1867 yılında Amerikan ve 1883'te Fransız misyonerlerin Beyrut'ta birer tıp fakültesi açıp çoğunluğu Osmanlı tebaasından olan çocuklara tıp eğitimi vermeye başlamaları oldu. Hükümet yetkilileri bu misyoner okullarında tıp eğitimi yanında zararlı fikirlerle oyalandığını düşünmekteydi. Mevcut imtiyaz ve kanunlara göre bu okulları kapatmak mümkün değildi. Bunun yerine Beyrut veya Şam'da bir Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye açılması düşünüldü. Açılacak tıbbiyenin bu okullarla rekabet etmesi amaçlanıyordu. Böylelikle bölge ahalisinin yabancılara olan temayülünün önüne geçileceği gibi devlete olan bağlılığın arttırılması gibi daha birçok fayda da sağlanmış olacaktı.

Yapılan incelemeler neticesinde okulun Şam'da açılmasına karar verildi. Hamidiye Hastanesi'nde görevli Yüzbaşı İsmâil Ahmed Efendi'nin gayretleriyle, 1903 yılı ilkbaharında ebelere yönelik teorik ve pratik eğitimi ihtiva eden iki yıllık bir müfredat uygulamaya konulmuştu. Açılması planlanan Şam Tıbbiyesi için gerekli masrafının 16 Nisan 1903 tarihli irade ile daha önce Girit Muhtâcîn-i Ahâlî-yi İslâmiyesi İânesi adıyla bazı vilayetlerden toplanmakta olan "zebhiye" (kesilen hayvan başına alınan vergi) vergisinin İstanbul ve Rumeli vilayetleri haricindeki bütün vilayetlerden alınmasına karar verildi.

Okul binasının, 1899 yılında tamamlanarak hizmete açılan 120 yataklı Şam Hamidiye Gureba Hastanesi bahçesinde inşa edilmesinin uygun olacağı kararlaştırıldı.

Bu arada tıbbiyenin hemen açılması için çalışmalar başlatılarak Salihiye caddesinde bulunan Zîver Paşa Konağı kiralandı. Mekteb-i Tıbbiye öğretmenlerinden ve kolera salgınına karşı önlem almak için Şam'a gönderilen ferik rütbesindeki Doktor Feyzi Paşa açılış törenini yapmak için geçici olarak müdür tayin edildi. Okul, Nâzım Paşa'nın Şam valiliği sırasında II. Abdülhamid'in tahta çıkış tarihinin yirmi yedinci yıl dönümü olan 31 Ağustos 1903 tarihinde yapılan bir törenle açıldı. Öğretime kırk öğrenci ile Ekim 1903'te başlanıldı.

Tıp ve eczacılık bölümlerinden oluşan ve gündüz eğitim veren Şam Tıbbiyesi, İstanbul dışında açılan ilk ve tek tıp okuluydu. Bu okula bir müdür, bir müdür yardımcısı, yirmi iki hoca ile diğer görevlilerin kadroları tahsis edildi. Okula tayin edilen müdür ve muallim seçimini ve tayinini Umum Mekâtib-i Askeriye Nezareti yapmaktaydı.

Altı yıllık öğrenim süresine sahip okulun tıp bölümü müfredatı İstanbul'daki tıbbiyenin programıyla aynıydı. Okulun ders programında 1907 yılı yazında değişikliğe gidildi ve öğrencilerin daha fazla uygulama yapması maksadıyla klinik derslerinin saati arttırıldı.

Okulun eczacılık bölümünün öğretim süresi üç yıldı. Tıbbiye açıldıktan bir yıl sonra yani 1904 yılında eczacılık bölümüne öğrenci kabul edildi ve ilk mezunlarını 1907 yılında verdi. O yıl eczacılık bölümünden beş öğrenci mezun oldu.

Tıbbiyede 1907 yılından itibaren imtihân-ı umûmî (genel sınav) sistemi uygulamaya konuldu.

Okula ait bir nizamname için çalışma başlatılmışsa da sonuç alınamadığından çözülmesi gereken bir husus olduğunda İstanbul'daki tıbbiyenin nizamnamesi esas alınmaktaydı.

Okula kabul edilebilmek için yedi senelik idâdî mekteplerinden yahut Maarif Nezareti'nce aynı statüde kabul edilen okullardan Türkçe sınavını vermiş olmak kaydıyla diploma almış olmak şarttı. On yedi yaşından küçükler tıbbiyeye kabul edilmemekteydi. Okulda öğrenim ücretsizdi. Tıbbiyenin eğitim dili Türkçe idi, buna karşın öğrencilerden Fransızca bilmeleri bekleniyordu. Okula kabul edilen öğrenciler arasında gayrimüslim çocuklar da bulunmaktaydı.

Beyrut'taki yabancı tıp fakülteleriyle rekabet etmesi için kurulan Şam Tıbbiyesi, kısa zamanda beklenen etkiyi yaptı. 1906 yılından itibaren Beyrut'ta bulunan Amerikan ve Fransız Tıp fakültelerinde öğrenim gören bir kısım öğrenci, Şam Tıbbiyesi'ne nakil yapmak için müracaat etti. 5 Temmuz 1907 tarihinde yabancı öğrencilerin Şam Tıbbiyesi'ne alımı serbest bırakıldı.

II. Meşrutiyet'in ilanından sonra öğrencilerin tavırlarında değişimler gözlendi. Eylül 1908 tarihinde Maarif Nezareti'ne çektikleri bir telgrafta okulun çok kötü bir şekilde idare edildiğini, muallimlerin donanım bakımından yetersiz olduğunu ifade ederek okul müdürünün görevden alınmasını talep ettiler. Taleplerinin kabul edilmemesi halinde derslere devam etmeyeceklerini beyan eden öğrenciler, okul müdürünün 25 Ocak 1909 tarihinde görevden alınmasıyla amaçlarına ulaşmış oldular.

Daha evvel Umum Mekâtib-i Askeriye Nezareti'ne bağlı olan Şam Tıbbiyesi yeniden Maarif Nezareti'ne bağlı hale getirildi. Bu değişiklik olumlu gibi gözükse de bir yıl sonra 1909 yılında yapılan idarî düzenleme Şam Tıbbiyesi'nin statüsünü düşürdü. Tıbbiye, daha önceden doğrudan doğruya Maarif Nezareti ile yaptığı yazışmaları artık Şam Maarif Müdüriyeti üzerinden yürütecekti.

Bu düzenlemeler sonrasında, Şam Tıbbiyesi'nin kapatılacağı şayiası üzerine Antakya, Şam ve Tevâbii Rum Patrikliği, Suriye Ermeni patrik vekili ile Şam ileri gelenleri, mektebin kapatılacak olmasından duydukları endişeyi üç ayrı telgrafla Bâbıâli'ye bildirdiler. Maarif Nezareti, Şam Tıbbiyesi'nin kapatılmayacağını bilakis eksiklerinin giderilerek daha iyi bir yapıya kavuşturulacağını duyurdu. Fransızca okutulan tabakat (jeoloji) ve kitabet dersleri 1909'da yapılan bir düzenleme ile kaldırıldı.

Tıbbiye, on yıl sonra 1913 sonbaharında asıl binasına taşınabildi. Ancak I. Dünya Savaşı'nın başlamasıyla 1914 yılı sonlarında faaliyetlerine ara verilen Şam Tıbbiyesi'nin muallimleri ile tıp ve eczacılık bölümlerinde öğrenim gören öğrenciler bir süreliğine orduya alındı.

Şam Tıbbiyesi 1915 yılında yapıldığı düşünülen bir düzenlemeyle Dârülfünûn-ı Osmânî Tıp Fakültesi Şam Tabip ve Eczacı şubeleri adını aldı. Tıbbiye 1916 yılında Cemal Paşa'nın emriyle Beyrut'a taşınınca bu isim resmî olarak Beyrut Tıbbiye Mektebi'ne tahvil edildi.

Beyrut'un İtilaf devletleri tarafından ele geçirilmesi üzerine, 4 Ekim 1918 tarihinde okul kapatıldı. Mektepten ayrılarak İstanbul'a giden bir kısım öğrenci buradaki Tıp Fakültesi'nde, Şam'da kalan öğrenciler ise Fransız ve Amerikan tıbbiyelerinde eğitimlerine devam ettiler.

1903-1918 yılları arasında faaliyet gösteren Şam Mekteb-i Tıbbiyesi'nden 240 doktor ve 289 eczacı olmak üzere toplam 529 kişi mezun olmuştur (Atasoy, 1945: 3). Şam Tıbbiyesi'nin Beyrut'a nakledilmesinden sonra buradan mezun olan kişiler zorluklarla karşılaştı. Diplomalarına ya da ellerinde bulunan belgelere sahte olduğu nazarıyla bakıldı. Çünkü bu kişilerin ellerindeki vesikaların geçerliliklerini teyit edecek kayıtlar Fransız işgali altında olan Beyrut'ta kalmıştı. Soruna çözüm bulmak isteyen Türkiye Büyük Millet Meclisi hükümeti, 1923 yılında Fransızlar'dan bu kayıtları talep etti.