Selanik'e bağlı Langaza kasabasında doğdu. Ailesi II. Mehmed zamanında Karaman'dan Rumeli'ye göçen yörüklerdendir. Babası Feyzullah Efendi, annesi ise Ayşe Hanım'dır. 1871 yılında gümrük muhafaza memuru Ali Rıza Efendi ile (ö. 1888) evlenmiştir.

Ali Rıza Efendi ve Zübeyde Hanım'ın, Fatma, Ahmet, Ömer (1875-1883), Mustafa (188l-1938), Makbule (1885-1956) ve Naciye isminde altı çocukları olmuştur. Ancak Makbule ve Mustafa'nın dışındaki çocukları küçük yaşta hastalanarak vefat etmiştir.

Zübeyde Hanım güçlü bir iradeye sahip, geleneklerine bağlı bir kadındır. Okuma yazma bilmesi ve kendine danışılan bir kişi olması sebebiyle çevresi tarafından "Zübeyde Molla" diye hitap edilmiştir.

Eşi Ali Rıza Efendi'nin ölümünden sonra maddi sıkıntılar çekmiş, Selanik'e Mora'dan gelerek yerleşen göçmenlerden olan Râgıb Efendi ile ikinci bir evlilik yapmış, bu evlilikten çocuğu olmamıştır. Mustafa Kemal'nin orduya katılarak çeşitli cephelerde savaşması, annesi için endişeli ve sıkıntılı günlerin başlangıcı olmuştur (bk. Atatürk, Mustafa Kemal).

Balkan savaşları sırasında Selanik'in Yunanlılar tarafından ele geçirilmesi üzerine İstanbul'a taşınmak zorunda kalan Zübeyde Hanım, Beşiktaş Akaretler'de bir eve yerleşmiştir. Ardarda gelen savaşlarda aldığı cephe görevleri sebebiyle annesinin yanında fazla kalamayan ve onunla pek vakit geçiremeyen Mustafa Kemal, I. Dünya Savaşı'nda Doğu cephesinde görevliyken tanıdığı öksüz çocuklardan biri olan Abdürrahim'i evlat edinerek annesinin yanına bırakmıştır.

Dokuzuncu Ordu müfettişliğine atanan Mustafa Kemal Paşa, Samsun'a hareket edeceği için annesiyle vedalaşmaya gidince endişelenen Zübeyde Hanım kalp krizi geçirmiştir. Mustafa Kemal Paşa, annesi kendine gelince yola çıkabilmiştir. O zor günlerde Mustafa Kemal Paşa, İstanbul'da yaşayan annesine sık sık mektuplar yazmış, annesinin sağlığı ile ilgili gelişmeleri de yakından takip etmiştir. Mustafa Kemal Paşa, kısmî felç geçiren Zübeyde Hanım ile kız kardeşi Makbule'yi, Büyük Taarruz hazırlıklarının yapıldığı sırada Ankara'ya getirmeye karar vererek annesinin önce İzmit sonra Adapazarı'na geçmesini sağladı. 14 Haziran 1922 tarihinde Adapazarı'na gelen Mustafa Kemal Paşa, annesi ve kız kardeşi ile 24 Haziran 1922 tarihinde Ankara'ya hareket etti. Zübeyde Hanım Çankaya'da bir bağ evine yerleşirken Makbule Hanım ise İstanbul'a, eşinin yanına geri döndü. Zübeyde Hanım, 17 Aralık 1922'de İzmir'e gidene kadar Ankara'da kaldı. Eklemlerindeki ağrı ve diyabet rahatsızlığının artması üzerine doktorların "hastalığın Ankara'da tedavi edilemeyeceğini ve mutlaka sahilde ikamet etmeleri gerektiğini" söylemesiyle Zübeyde Hanım'ın İzmir'e gönderilmesine karar verildi. Bir süre sonra Zübeyde Hanım'ın rahatsızlığı daha da arttı ve 14 Ocak 1923 akşamı vefat etti. Mustafa Kemal Paşa annesinin vefatından önce İzmir'e gelememişti. Vasiyetnamesinde, Beşiktaş'taki Yahyâ Efendi haziresine gömülmesini istediyse de bu mümkün olamadı. Vefat haberini aldığında İzmit'te olan Mustafa Kemal Paşa annesinin cenaze törenine katılamadı.

27 Ocak 1923 tarihinde İzmir'e gelebilen Mustafa Kemal Paşa, annesinin defnedildiği Karşıyaka'daki Osman Paşa Camii avlusunda mezarının başına giderek yanındakilere şöyle demiştir: "Annem ölmüş, bu hazin hakikat karşısında benim için teselliye sebep bir nokta var; kurtuluşu, hepimiz için, bütün millet için bir gaye-i emel ifade eden bu güzel İzmir'in mukaddes topraklarında gömülmüş olması..."

Zübeyde Hanım altmış altı yıllık ömründe çok zorluklar çekmiş, imparatorluğun yıkılışına ve oğlunun önderliğinde Türk milletinin gerçekleştirdiği Millî Mücadele'ye tanıklık etmiştir.

Zübeyde Hanım'ın, saygın ve vakur kişiliği günümüzde Türkiye'nin farklı şehirlerindeki okullara (Zübeyde Hanım Eğitim Kurumları, Tokat Zübeyde Hanım Mesleki ve Teknik Anadolu Lisesi, Bursa Osmangazi Zübeyde Hanım Kız Teknik ve Meslek Lisesi), üniversitelerde fakülte ve araştırma merkezlerine (Ömer Halisdemir Üniversitesi Zübeyde Hanım Sağlık Yüksekokulu, Başkent Üniversitesi İzmir Zübeyde Hanım Uygulama ve Araştırma Merkezi), kültür merkezlerine (Eskişehir Zübeyde Hanım Kültür Merkezi) ismi verilerek adı eğitimle ilgili kurumlarda yaşatılmaktadır.