Azerbaycan Cumhuriyeti 28 Mayıs 1918 tarihinde kurulmuş ve hemen ardından siyasî, sosyal, eğitim ve kültür hayatında hızlı değişimler olmuştur. Bu sahada önemli gelişmelerden biri yeni bir üniversitenin açılmasıdır. Mayıs 1919'da Bakü Devlet Üniversitesi'nin kurulmasına yönelik bürokratik çalışmalara başlanmış, öncelikle bir komisyon teşekkül etmiştir. 1 Eylül 1919'da "Bakü şehrinde devlet üniversitesinin tesis edilmesi hakkında" kanun parlamentoda kabul edilmiştir. Üniversitenin açılışında Rus bilim adamlarından istifade edilmiş, daha sonra Rusça olan eğitim öğetim dilinin Türkçeleştirilmesine yönelik adımlar atılarak Mehmed Emin Resulzade'nin ısrarıyla Türkçe eğitim verilmesi kararlaştırılmıştır. Başlangıçta Bakü Devlet Üniversitesi'nde Tarih-Filoloji, Fizik-Matematik, Hukuk ve Tıp fakültelerinin olması kabul edilmiştir.

Üniversitenin ilk rektörü Rus bilim adamı V. Razumovski olmuştur. 1922'de Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği (SSCB) kurulunca Azerbaycan eğitimi merkeze (Moskova) bağlanmış, böylece üniversitenin özerkliği kısıtlanmıştır. Müfredatlar, derslikler üniversiteye merkezden onaylanarak gönderilmeye başlanmıştır. Ülkede kurulan Sovyet yönetimi, Sovyetleşme ideolojisi tatbik ederek Azerbaycan halkının dinî-millî geleneklerine aykırı yönetim sergilemeye başlamıştır.

1923'te kabul edilen yeni bir nizamnameye göre bürokratik yazışmaların ve derslerin geçici olarak Rusça, Doğu bölümündeki derslerin ise Türkçe yapılmasına karar verilmiştir. Üniversitenin 1920'de kabul edilen nizamnamesinde bütün zorunlu derslerin ve yazışmaların Rusça yapılması gerektiği belirtilmiştir. Bu karar, 1923'e kadar uygulanmıştır.

Bakü Devlet Üniversitesi'nin adı Sovyet yönetimi döneminde defalarca değiştirilmiştir. 1922'de Bakü Devlet Üniversitesi, Azerbaycan Devlet Üniversitesi olarak yeniden adlandırılmıştır. 23 Ocak 1924'te ise üniversitenin adı Vladimir İliç Lenin Azerbaycan Devlet Üniversitesi olmuştur. 19 Haziran 1930'da Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği Yüksek Konseyi Başkanlığı kararnamesiyle üniversite kapatılarak, ayrı ayrı enstitülere ayrılmıştır. 25 Mayıs 1934'te Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği Yüksek Konseyi Başkanlığı kararnamesiyle üniversite yeniden açılarak, Fizik-Matematik, Bioloji, Kimya ve Tarih fakültelerinden oluşan yeni bir yapılanmaya gidilmiştir. 16 Nisan 1939'da Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği Yüksek Konseyi Başkanlığı kararnamesiyle üniversitenin adı S.İ. Kirov Azerbaycan Devlet Üniversitesi olmuştur. 1991'de ise Memmed Emin Resulzade Bakü Devlet Üniversitesi haline gelmiştir. Son olarak 2001'de üniversitenin isminin ilk tesis olunduğu gibi Bakü Devlet Üniversitesi olarak kalmasına karar verilmiştir.

2019'da Elçin Babayev rektör olarak atanmış ve hâlâ görevini sürdürmektedir. 1919'da faaliyete başlayan Bakü Devlet Üniversitesi, şu anda Azerbaycan'ın en üst düzey ve en büyük yükseköğetim kurumudur. Günümüzde üniversitenin öğrenci sayısı 25.000 civarındadır. Akademik ve idarî personel yaklaşık 3.000 civarındadır. On altı fakülte, 120 bölüm, bir şube, iki araştırma enstitüsü, üç bilimsel araştırma merkezi ve yirmi dört araştırma laboratuvarı vardır. Bunun yanı sıra, üniversiteye bağlı olarak, Bakü Devlet İktisadiyat ve Humanitar Kolej ve Genç İstedadlar Lisesi faaliyette bulunmaktadır.

Üniversitenin merkez kütüphanesinde 2,5 milyonun üzerinde kitap bulunmaktadır. Üniversitede başta Bakü Üniversitesi Gazetesi olmak üzere farklı alanlarda kitaplar basılmaktadır. Ayrıca Bakü Üniversitesi'nin Haberleri, Dil ve Edebiyat, Applied and Computational Mathematics, Turkic World Mathematics Society journal of Pure and Applied Mathematics, Journal of Low Dimensional Systems, Tarih ve Onun Problemleri gibi çok sayıda süreli yayın da çıkartılmaktadır.

Bakü Devlet Üniversitesi, Avrupa Üniversiteleri Birliği, Hazar Ülkeleri Üniversiteleri Birliği, Karadeniz Üniversiteleri Birliği (CSU), eski Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği'nin birçok üniversitesini içeren Avroasya Üniversiteleri Birliği,  Kafkasya Üniversiteler Birliği ve İslam Dünyası Üniversiteleri Federasyonu'nun üyesidir. Ayrıca Texas Üniversitesi, Beylor Üniversitesi, M.V. Lomonosov Moskovo Devlet Üniversitesi, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara Üniversitesi, Marmara Üniversitesi, Selçuk Üniversitesi, Nice-Sofya Antipolis Üniversitesi, Indiana Üniversitesi, Kiev Ulusal Üniversitesi, Viyana Üniversitesi gibi birçok üniversite ile ikili anlaşmalar temelinde bilimsel araştırma projeleri ve öğretim elemanı-öğrenci değişimi alanında iş birliği yapmaktadır.