Adı Bahâeddin Muhammed b. Muhammed Buhârî'dir. Buhara yakınlarında bir köyde dünyaya geldi. Gençliğinde kumaşlara nakış işleyen babasına yardım ettiği için "Nakşibend" (nakışçı) lakabıyla anılmıştır. Başka yerlerde, özellikle Türkiye'de, halk arasında Şâh-ı Nakşibend olarak bilinir. Başlangıcı Yûsuf Hemedânî'ye (ö. 1140) ulaştığı kabul edilen Türkistan kökenli tasavvufî Hâcegân geleneğinin yedincisinin Bahâeddin Nakşibend olduğu söylenir. On sekiz yaşında Hâcegân şeyhlerinden Hoca Muhammed Bâbâ-yı Semâsî (ö. 1335-36[?]) ile tanıştı ve sonraki yıllarda onun halifesi Seyyid Emîr Külâl (ö. 1370) tarafından eğitildi. Tasavvufî eğitimi sırasında Halil Ata ve Kusem Şeyh gibi Yesevî şeyhlerinden de zikir ve erkan dersleri aldı.

İki defa hac yolculuğuna çıktı. Hac dönüşünden sonra seyrüsülûk yolunda çeşitli şeyhlerle görüşmek üzere Horasan ve Mâverâünnehir bölgelerindeki şehirleri dolaştı. Tasavvufî eğitimini tamamlayıp halkı irşat ile meşgul olduğu dönemde Türkistan'ın muhtelif şehirlerinde bulundu, çok sayıda kişi kendisine mürit oldu. Yetmiş dört yaşında Buhara'da vefat etti ve Kasr-ı Ârifân adlı köye defnedildi. Önceleri mütevazi bir durumda olan kabrinin etrafı zamanla mescit, medrese, tekke, misafirhane gibi müştemilat ile büyük bir külliye haline geldi. Külliye bugün de Özbekistan'ın önemli ziyaretgâhlarından biridir. Bahâeddin Nakşibend'in vefatından sonra yerine Hoca Alâeddin Attâr geçmiş ve irşat vazifesini devam ettirmiştir.

Bahâeddin Nakşibend, eğitim usulünü sohbet esası üzerine kurmuştur. Halvette kalmayı uygulamamış, onun yerine Abdülhâlik Gucdüvânî'nin "halvet der encümen" yani "halk içinde Hak ile olmak" prensibini esas almıştır.

Tasavvufî eğitim usullerinde cehrî (sesli) zikir ve sema (musiki dinleyip coşmak) da yoktu. Ancak semayı inkâr etmezdi. Medrese hocaları genellikle sesli zikre ve semaya muhalif oldukları için onlarla çatışmadan halkı irşat etmek isteyen Bahâeddin Nakşibend bu uygulamalardan uzak durmuş olmalıdır.

Tasavvufî eğitiminde müritlerinden perhiz ve aşırı riyazet yapmalarını istemezdi. Kendisine mürit olmak için gelen ancak kalbinin katı olduğunu düşündüğü kişilere, "Önce bir güzele âşık ol, onun aşkıyla kalbin yumuşasın, sonra gelip mürit ol" derdi.

Hoca Bahâeddin Nakşibend, tasavvufî anlayışında el emeği ile çalışıp kazanmaya çok önem verir, işsiz insanları müritliğe kabul etmek istemezdi. Belli bir kıyafeti olmadığı gibi müritlerine de belli bir tarzda giyinmeyi tavsiye etmezdi. Bazan tasavvufî eğitimin ve nefis terbiyesinin bir parçası olarak müritlerini imtihan ederdi. Mesela zengin bir aileye mensup olan ve medresede eğitim gören Alâeddin Attâr'a Buhara çarşısında elma sattırarak onda bulunması muhtemel olan kendini beğenme duygusunu terbiye ettiği rivayet edilir. Dükkân sahibi olan bir başka müridinin de günlük kazancını alıp giderek onun cömertliğini sınadığı, sonra da kendisine iade ettiği de kaydedilir.

Türkistan'da Kur'an ve sünnet çizgisinde tesis ettiği tasavvuf anlayışı kendisinden sonra onun adına nispetle Nakşibendiye adıyla anılmış, zamanla Anadolu, Balkanlar, Hindistan ve Ortadoğu ülkelerine yayılmış ve geniş kitlelere ulaştırılmıştır. Onun yaptığı belki de en önemli iş, tasavvuf ile dinin zâhirî ilimlerini, diğer bir ifadeyle sufiler ile ulemayı yani tekke ile medreseyi birbirinden ayrı, hatta rakip olarak gören anlayışı reddetmiş ve din âlimlerine büyük bir saygı göstermiş olmasıdır. Bu sayede, temellerini attığı tarikatının İslamî kurallara ve Ehl-i sünnet anlayışına bağlı olan yapısı, ilk kurulduğu şekliyle asırlarca devam etmiş, İslamî ilkelerden sapmış akımların tesirlerinden büyük ölçüde korunabilmiştir.

Bahâeddin Nakşiben'in tarikatının yayılmasında ve devamında önemli rol oynayan birçok talebesi ve müridi vardı. Önde gelen öğrencileri arasında halifesi Hâce Alâeddin Attâr (ö. 1400), Hâce Muhammad Pârsâ (ö. 1419) ve Ya'kûb-ı Çerhî (ö. 1448) yer almaktadır.

Bahâeddin Nakşibend'in tasavvufî yoldaki sözleri ve konuşmaları, Farsça Risâle-i Kudsiyye adlı eserde, müritlerinden Hâce Muhammed Pârsâ tarafından bir araya getirilmiş, Ahmed Tâhirî-yi Irâkî'nin giriş ve düzeltmeleriyle eserin ilmî neşri yayımlanmıştır (Tahran 1354 hş.). Kudsiyye'de, müellifinin kitabın yazılış sebebi ve niteliği hakkındaki bir mukaddimesiyle velilerin sözlerini toplamanın ve yayımlamanın önemi anlatılmış daha sonra Bahâeddin Nakşbend'in sözleri ele alınıp açıklanmış, bu arada birçok âyet, hadis, eser, şiir ve haberden alıntılar yapılmıştır. XVIII. yüzyılda Uşşâkî şeyhlerinden Salâhî Efendi (ö. 1783) eseri Osmanlıca'ya çevirmiş ve bu çeviri yayımlanmıştır (1905). Günümüz Türkçe'sine de Risâle-i Kudsiyye: Muhammed Bahâeddîn Hazretlerinin Sohbetleri adıyla çevrilmiştir (çev. Necdet Tosun, İstanbul 1998).

Bahâeddin Nakşibend'e bazı eserler nispet edilmiş ise de bunların tamamı başka şahıslara aittir. Onun yazılı bir eseri yoktur. Kendisine nispet edilen Evrâd-ı Bahâiye isimli dua mecmuası da muhtemelen Anadolu coğrafyasında üretilmiş bir eserdir. Ancak onun sözleri ve menkıbeleri iki önemli Farsça eser ile günümüze ulaşmıştır. Bunlar Salâh b. Mubârek Buhârî'nin Enîsü't-tâlibîn isimli eseriyle Ebü'l-Kasım Buhârî'nin er-Risâletü'l-Bahâiye isimli eserleridir. Bahâeddin Nakşibend'in Farsça ve çoğunlukla dörtlükler halindeki şiirlerinden, biyografisi anlatılırken yer yer bahsedilmiştir.