İstanbul'un fethinden sonra Fâtih Sultan Mehmed'in kurduğu ilk medresenin kendisine tahsis edildiği Molla Zeyrek'in hayatı hakkında fazla bilgi yoktur. Asıl adı Mehmed'dir. Hacı Bayram Velî'nin yanında yetişmiş, "zeyrek" ismini de kendisine bizzat o vermiştir. Bir dönem Bursa Sultan Murad Medresesi'nde müderrislik yapan Molla Zeyrek'in hakkındaki rivayetlerde vaktinin büyük bir bölümünü ibadetle geçirdiği, müderrislik ücreti olarak aldığı 50 akçenin bir kısmını Hacı Bayram Velî'nin müritlerine gönderdiği bilgileri yer almaktadır.

Fâtih'in huzurunda tertip edilen bir münazarada Bursa Sultâniye (Yeşil) Medresesi müderrisi Hocazâde Muslihuddin Efendi ile altı gün süren "burhân-ı vâhid" konusundaki tartışma toplantıları, medrese tarihimiz açısından önemli ipuçları barındırmaktadır. Her iki tarafın bu tartışmalara dair görüş ve delillerini risale olarak yazıya geçirmiş olmaları en azından dönemin ilim meclislerine, kullanılan metotlara ve entelektüel faaliyetlere verilen değere yönelik hayli malzeme sunmaktadır. Bahsi geçen münazaraların sonunda padişah, Molla Hüsrev ve hâzırundan çoğunun Hocazâde'nin görüşlerini tercih etmesiyle Molla Zeyrek hem çok üzülmüş hem de medresedeki mevkiini terketmek zorunda kalmıştır. Bunun üzerine Bursa'ya yerleşerek ilmî çalışmalarını sürdürmüş ve pek çok talebe yetiştirmiştir. Sultan II. Bayezid döneminde kendisine Bursa müftülüğü tevdi edildiyse de görev süresi çok uzun olmamıştır. Vefat tarihi olarak bazı kaynaklar 1474, bazıları ise 1497 yılını vermektedir. Bursa'da Pınarbaşı mevkiindeki kabri bugün için meçhuldür. Eserlerinden hiçbiri günümüze kadar gelmemiştir.

Fetihten itibaren Mahalle-yi Mescid-i Hoca Zeyrek adıyla anılan Zeyrek Camii ve Medresesi civarındaki mahalle bugün Zeyrek semti olarak anılmaya devam etmektedir.