1991 yılında bağımsızlığını ilan eden Kırgızistan Cumhuriyeti ile Türkiye Cumhuriyeti arasında kısa sürede siyasî, ticarî, askerî, sosyal, kültürel alanlarda birçok ilişki kurulmuş, bunların en önemlisi de eğitim öğretim alanında gerçekleştirilmiştir. Bu çerçevede kurulan Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi, Kırgızlar'ın ve bütün Türk dünyasının millî ve efsanevî kahramanı "Manas"ın adını taşımaktadır. Başşehirde bulunan üniversite, 3 Mart 1992 tarihinde Bişkek'te imzalanan eğitim, kültür ve bilimsel alanlarda iş birliği anlaşmasını müteakip 30 Eylül 1995'te imzalanan "Türkiye Cumhuriyeti ile Kırgız Cumhuriyeti hükümeti arasında Bişkek'te Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi kurulmasına dair anlaşma"nın her iki ülke yetkili makamlarınca onaylanması sonucu 1997-1998 eğitim öğretim yılında doksan beş öğrenci ile dil hazırlık sınıfında eğitim hayatına başladı.
Üniversite, Kırgızistan uyruklu öğrencileri kendi "Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi"nce yaptığı sınavla; Türk öğrencileri Türkiye Cumhuriyeti "Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi"nce (ÖSYM) yapılan Yükseköğretime Geçiş Sınavı (YGS) ve Lisans Yerleştirme Sınavı (LYS) ile; diğer Türk ve akraba topluluklarına mensup öğrencileri ise yine Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi'nce yapılan "Türk Cumhuriyetleri Sınavı"yla (TCS) almaktadır. Üniversitenin eğitim dili Kırgızca ve Türkçe'dir. Yabancı dil olarak Rusça ve İngilizce öğretilmektedir.
Başlangıçta Edebiyat, İktisadî ve İdarî Bilimler, Teknik Eğitim, İlahiyat fakültelerinin yanı sıra Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri enstitüleri ile eğitim hayatına başlayan üniversite, 2022 yılı itibariyle Tıp Fakültesi'nin de açılmasıyla on iki fakülte, dört enstitü, iki yüksekokula sahiptir. Üniversitede on tane ön lisans eğitim programı, kırk bir lisans, yirmi yedi yüksek lisans ve on iki doktora (PhD) eğitim programı bulunmaktadır.
Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi, Bologna sürecine dahil olması, kaliteli eğitim sistemi, ücretsiz eğitim sunması, uygun barınma ve beslenme imkânı sağlaması, giriş kontenjanı bursu, akademik başarı bursu ve uluslararası geçerli çift diploma gibi imkânlar sayesinde öne çıkmış, tercih edilen bir üniversite olmuştur. Kırgız Cumhuriyeti 2020 Genel Cumhuriyet Sınavı (ORT) sonuçlarına göre Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi (KTMÜ) en yüksek ortalama ile tercih edilen üniversitedir. Üniversiteye üç ana kaynaktan öğrenci kabul edilmektedir. Bunlar Kırgızistan, Türkiye ve Türk cumhuriyetleri ile diğer akraba topluluk ülkeleridir. Türk dünyası ülkeleri başta olmak üzere on altı ülke, yirmi iki kökenden yüksek öğrenim gören öğrenciler, bu çok kültürlü ortamda edindikleri dostluklarla mezuniyet sonrasındaki yaşamlarında destek sağlayarak bir ilişki ağına (network) sahip olmaktadırlar.
İlk mezunlarını 2001-2002 eğitim öğretim yılı sonunda veren üniversitenin o dönemki mezun sayısı seksen yedidir. Manas Üniversitesi 2020-2021 eğitim öğretim yılında 882 mezun vermiş, böylece üniversitenin mezun sayısı toplamda 9486 öğrenci olmuştur. 2022-2023 eğitim öğretim yılı ile birlikte üniversite bünyesinde 972 akademisyen ile 6150 öğrenci bulunmaktadır.
Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi ile ülke içi ve ülke dışı yükseköğretim kurumları, kuruluşlar ve bilimsel merkezler arasında yapılan iş birliği protokolleri 230'u aşmış olup bunlara her geçen gün bir yenisi eklenmektedir.
