İzmir'de üniversite düzeyinde bir yükseköğretim kurumunun kurulması Demokrat Parti'nin 1950'de iktidara gelmesinden sonra gündeme gelmeye başlamıştır. 1952'den itibaren İzmir milletvekili Behzat Bilgin'in başını çektiği ve kendisi dahil yirmi üç kişiden oluşan İzmir, Manisa, Aydın ve Denizli milletvekilleri Ege bölgesinde, İzmir merkezli bir üniversite kurulması için çalışmalara başlamışlardır. Bu sırada İzmir'de Yüksek Ekonomi ve Ticaret Okulu, Yüksek İslam Enstitüsü, İzmir Eğitim Enstitüsü, İzmir Tekstil Teknik Yüksekokulu, İzmir Yüksek Teknik Okulu gibi yüksek eğitim kurumları bulunuyordu. Sivil toplum örgütleri, ticaret ve sanayi odaları ile yerel basın bu çalışmaları destekledi. Sonuçta "Ege Üniversitesi adıyla İzmir'de bir üniversite kurulması hakkında kanun" tasarısı hazırlandı. 20 Mayıs 1955 tarihinde 6595 sayılı kanun ile Ege Üniversitesi'nin kuruluşu Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde kabul edildi. Ege Üniversitesi Türkiye'de hükümet önerisi olmaksızın milletvekillerinin önergeleri ve gayretleriyle kurulan ilk üniversitedir.
İlk olarak Tıp ve Ziraat fakülteleri kurulmuş, aynı öğretim yılı içinde Yüksek Hemşirelik Okulu da açılmıştır. Tıp Fakültesi'ne 90, Ziraat Fakültesi'ne 100 öğrencinin kayıt işlemleri tamamlandıktan sonra 5 Kasım 1955 tarihinde eğitim öğretime başlanmıştır. Resmî açılış töreni Cumhurbaşkanı Celal Bayar ve Başbakan Adnan Menderes'in katılımıyla 9 Mart 1956'da yapılmıştır. 11 Mart 1958 tarihinde yapılan seçimle Muhittin Erel, Ege Üniversitesi'nin ilk rektörü olmuştur.
Kurulduğu günden itibaren adını aldığı bölgenin eğitim, bilim, kültür, sanat ve spor hayatına yön veren Ege Üniversitesi, bölgede yeni üniversitelerin kurulmasına ve gelişmesine öncülük etmiştir. Ege Üniversitesi'nin bazı fakülte ve yüksekokulları, 1982'de kurulan Dokuz Eylül Üniversitesi'ne devredilmiştir. Daha sonra (çoğu 1992'den sonra) kurulan Afyon Kocatepe, Pamukkale, Celal Bayar ve Adnan Menderes üniversitelerinin ilk fakülte ve yüksekokullarını da Ege Üniversitesi'nin çeşitli il ve ilçelerdeki fakülte ve yüksekokulları oluşturmuştur. Diğer taraftan Ege Üniversitesi zamanla kendi bünyesine yeni fakülte, yüksekokul ve enstitüler ilave etmiştir. 2022 yılı itibariyle Ege Üniversitesi bünyesinde on dokuz fakülte, dokuz enstitü, on üç yüksekokul, Devlet Türk Musikisi Konservatuvarı, kırk uygulama ve araştırma merkezi, doğrudan rektörlüğe bağlı altı bölüm barındırmakta ve bu birimlerle akademik faaliyetlerini sürdürmektedir.
Ege Üniversitesi bünyesinde hem ziyaretçilere açık hem de akademik çalışmalara ortam hazırlayan, zengin objelerin yer aldığı müzeler, koleksiyonlar ve sürekli sergiler bulunmaktadır. Etnografya Müzesi'nde Türk dünyasına ait geleneksel giyim eşyaları ve halk çalgıları, takı ve aksesuarlar, silahlar, sandık ve dolaplardan oluşan objeler önemlidir. Ankara Maden Tetkik ve Arama Genel Müdürlüğü'ndeki Tabiat Tarihi Müzesi'nden sonra Türkiye'de kurulmuş ikinci büyük ve üniversiteler içinde tek tabiat tarihi müzesi olan Ege Üniversitesi Tabiat Tarihi Uygulama ve Araştırmalar Merkezi'nde ilginç fosiller, kayaç-mineraller, biyolojik objeler sergilenmektedir. Kâğıt ve kitabın uzun soluklu yolculuğunu farklı kültürlerden örneklerle ziyaretçilere sunan, bilgi ve görselleriyle her eğitim düzeyindeki öğrenciye seslenen Ege Üniversitesi Kâğıt ve Kitap Sanatları Müzesi, Türkiye'de ilk olmasının yanı sıra konunun bu boyutta ve zenginlikte ele alındığı bir üniversite müzesi olarak da uluslararası alanda önemli bir konuma sahiptir. Su Ürünleri Fakültesi Müzesi, Ziraat Fakültesi Niyazi Lodos Böcek Müzesi, Ziraat Fakültesi 100. Yıl Tarım Makineleri Müzesi eğitim ve akademik çalışmalara katkı sunan objeler barındırmaktadır. Ege Üniversitesi Gözlemevi Uygulama ve Araştırma Merkezi, astronomi derslerinin uygulamalarını yapmak, astronomi eğitimine yardımcı olmak, bilimsel araştırmalar yapmak, ulusal ve uluslararası gözlemevleriyle bilimsel iş birliği kurmak amacıyla hizmet vermektedir.
Diğer taraftan Ege Üniversitesi, 1969 yılında ilk Diş Hekimliği Fakültesi'ni, 1975'te Türkiye'nin üniversiteye bağlı ilk Güzel Sanatlar Fakültesi'ni, 1977'de Türkiye'nin ilk Gıda Fakültesi'ni, 1987'de "Ege Ajans" adıyla ilk defa kendi haber ajansını kurmuştur. 1992'de Türk Dünyası Araştırmaları Enstitüsü kurulmuş, bilgisayar bilimleri ve bilişim teknolojileri alanında disiplinler arası Uluslararası Bilgisayar Enstitüsü eğitim ve araştırma faaliyetlerine başlamıştır.
Ege Üniversitesi Türkiye'nin önemli araştırma üniversiteleri arasındadır. Aynı şekilde Yükseköğretim Kalite Kurulu'nun 23.06.2021 tarihli kararıyla beş yıl süre ile Türkiye'nin ilk Kurumsal Tam Akreditasyon Belgesi'ni alan ilk üniversite olmuştur.
2023 yılı itibariyle Ege Üniversitesi'nde, on dokuz fakülte, dokuz enstitü, üç yüksekokul, bir Devlet Türk Musikisi Konservatuvarı, on bir meslek yüksekokulu, rektörlüğe bağlı altı bölüm, kırk bir uygulama ve araştırma merkezi bulunmaktadır. 2022-2023 öğretim yılı itibarıyla 48.211 ön lisans ve lisans, 8193 lisansüstü öğrencisi olmak üzere toplam 59.925 öğrencisi olan Ege Üniversitesi'nde 3283 öğretim elemanı ve 7070 idarî personel görev yapmaktadır.
Ege Üniversitesi çağın gereksinimlerine uygun akademik çeşitliliği ve güçlü teknolojik alt yapısıyla bulunduğu şehir ve bölge ile bütünleşmiş; sağlıktan eğitime, sosyal sorumluluktan üniversite sanayi iş birliklerine, ulusal ve uluslararası platformlarda Türkiye'nin önemli bir eğitim ve bilim kurumu olarak faaliyetini sürdürmektedir.
