Osmanlı Devleti döneminde bir baytar mektebi kurulması fikrinin ne zaman oluştuğu kesin olarak bilinmemektedir. Sultan II. Mahmud döneminde Prusya'dan gelen H. von Moltke'nin ordudaki hayvanların sağlıkları için baytar yetiştiren bir okul açılması gerektiğini saraya rapor etmesi önemli bir aşamadır.

Sultan Abdülmecid döneminde de İstanbul'da bir askerî baytar mektebi kurulmasına karar verildi (bk. Abdülmecid). Konuyla ilgili olarak Prusya'ya müracaat edildi ve Prusya veteriner hekim Godlewsky'i görevlendirdi. 1841 yılında İstanbul'a gelen Godlewsky'e biri dershane ve diğeri ise eczane olarak kullanılmak üzere tahsis edilen iki geniş salonda  1842 yılında on iki kişiyle eğitim öğretime başladı. Godlewsky başlangıçta dersleri bir tercüman vasıtasıyla verirken daha sonra Türkçe öğrenmiştir. Öğrenim süresi üç yıl olan okul ilk mezunlarını 1845 yılında verdi. Okulda tek öğretici bulunduğundan ilk mezunlar verilene kadar öğrenci alımı yapılmadı. 1845'te başlayan bu ikinci dönemde öğrenciler iki saat teorik ders gördükten sonra klinik muayene ve tedavi işleri ile uğraşmışlardır.

Mektep 1847 yılında Mekteb-i Harbiye'nin Pangaltı'ndaki binasına taşındı. Ferik Ahmed Paşa'nın okul kumandanlığı döneminde (1848-1853) okul bünyesinde iki baytar sınıfı açıldı. Bu sınıfların öğrencileri askerî idâdî mezunu olup Harbiye'ye gelen öğrenciler arasından kura yoluyla belirlendi. Dersler Mekteb-i Harbiye ve Mekteb-i Tıbbiye hocaları tarafından verildi. Öğrenim süresi dört yıl olan okulun birinci sınıf müfredatı ilm-i hesap (aritmetik), teşrîh-i umûmî (genel anatomi), ilm-i kimyâ-yı tıp (kimya), ilm-i hikmet-i tabîiye (fizik), ilm-i nebâtat (botanik) ve Fransızca'dan müteşekkildir. İkinci sınıfın dersleri mufassal ilm-i teşrih (ayrıntılı anatomi), ilm-i kimyâ-yı tıp (tıbbî kimya), ilm-i hikmet-i tabîiye (fizik), eşkâl-i feres (atın görünüşü), ilm-i nebâtat (botanik), kuvâ-yı tıbbiye (fizyoloji) ve Fransızca idi. Üçüncü ve dördüncü sınıf öğrencileri ise serîriyat (klinik) dersleri alıyorlardı. Harbiye ve baytar sınıfları fenn-i baytarî, Fransızca, ilm-i hesap, ilm-i hikmet-i tabîiye ve ilm-i nebâtat derslerini ortak olarak okuyorlardı. Baytar sınıfları yıl sonunda piyadecilik ve süvarilik derslerinden de imtihan oluyorlardı.

1849 yılında Fransa'dan askerî baytar Dubroca davet edilmiş ve ona yardımcı olmak üzere aynı yıl süvari sınıfını birincilikle bitiren Mehmed Refet Bey görevlendirilmiştir. Kırım savaşı sebebiyle Mekteb-i Harbiye'nin 1854'te Taşkışla'ya taşınması üzerine eğitim öğretime orada devam edilir. Aynı yıl Fransa'dan hediye olarak at ve diğer hayvanların iskeletleriyle birlikte ders araç ve gereçleri getirtilir.

1859 yılında Gülhane'deki Mekteb-i Tıbbiye binasına ve 1863'te de yeniden Pangaltı'ndaki binaya taşınılır. 15 Ağustos 1873 tarihinde bu defa Galata Sarayı'ndaki Mekteb-i Tıbbiye'ye (Galatasaray Mekteb-i Tıbbiyesi) nakil ile birlikte öğrenim süresi üç yıla düşürülür.

İlerleyen süreçle birlikte baytar sınıflarının ders sayısı ve içeriklerinde değişikliğe gidilerek mevcut derslere ahkâm-ı emrâz-ı umûmî (hastalıklara dair genel hükümler), ahkâm-ı emrâz-ı umûmiye-yi dâhiliye (iç hastalıklara dair genel hükümler), ahkâm-ı emrâz-ı umûmiye-yi hâriciye (dış hastalıklara dair genel hükümler), cerrâhiye, eşkâl-i hâriciye-yi feres (atın dış görünüşü), fenn-i ahvâl-i feres (at bilimi), ilm-i hıfzıssıhha, muâmele-yi emrâz (hastalıkların tedavisi), müfredât-ı tıbbiye (farmakoloji), terkîb-i edviye (ilaç terkipleri), teşrîh-i mafsal (eklem anatomisi) vb. eklenmiştir.

1877 yılında Galata Sarayı'ndaki Mekteb-i Tıbbiye, Gülhane'deki geniş binalara nakledilince baytar sınıfları için orada ayrı ayrı dershaneler verildi. 1884'te Marko Paşa'nın gayretiyle Belçika'dan sivil veteriner Dezutter getirildi ve Baytar Ameliyat Mektebi kuruldu. Aynı yıl Eyüp'te Askerî Baytar Rüştiyesi açıldı.

1888 yılının sonunda baytar sınıfları tekrar Mekteb-i Harbiye bünyesine alındı ve ders programları yeniden düzenlendi. Baytar sınıflarından mezun olan öğrenciler için baytar zabit sınıfı kuruldu. Böylelikle öğrenciler mülazım rütbesiyle yeni bir eğitim sürecine tâbi tutularak Ameliyat Mektebi'nde bir yıl staj görerek yüzbaşı rütbesiyle ordu hizmetine alındılar.

Salgın hayvan hastalıklarının önüne geçilememesi ve sivil baytarlık hizmetlerine ihtiyacın artması sonucunda 1889 yılında Mülkiye Baytar Mektebi kuruldu. Böylelikle sivil baytarlık eğitimine bu okulda ve askerî baytarlık eğitimine de Mekteb-i Harbiye'deki baytar sınıfları bünyesinde devam edilmeye başlandı.

1890 yılında baytar sınıflarından üç öğrenci beş yıl süre ile Fransa'ya gönderildiler. 1895 yılında yurda dönen bu öğrenciler okul kadrosuna alındılar.

1905 yılına gelindiğinde Mekteb-i Harbiye binalarında yedi sınıflı baytar mektebi faaliyet göstermekteydi. Kasım ayında çıkan bir irâde-yi seniye ile baytar sınıfları Haydarpaşa'daki Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'ye alındı. 1909'da Mekteb-i Tıbbiye'nin fakülteye dönüşmesi üzerine baytar sınıfları da ilk defa ayrı binada ve bağımsız bir okul olarak öğretime başladı. Bir yıl sonra binanın  ihtiyaca karşılık vermemesi sonucunda Selimiye'ye taşınıldı.

Ardından binaların genişletilmesi ve ders programlarının yeniden düzenlenmesi yoluna gidildi ve yeni laboratuvarlar ile okulun ve ordunun ihtiyaçlarını karşılamak üzere okul yakınlarında ilaç ve alet deposu kuruldu.

Balkan savaşları ve ardından I. Dünya Savaşı sebebiyle ordunun artan baytar ihtiyacına binaen Askerî Baytar Mektebi bazı yıllarda mezun verememiş, ordu hizmetine alınan öğrenciler döndükleri zaman öğrenimlerini tamamlayabilmişlerdir. İlerleyen süreçle birlikte askerî ve sivil baytarlık mekteplerinin birleştirilmesine karar verilmiş; böylelikle Askerî Baytar Mektebi 1921 yılında seksen sekiz öğrencisi ile birlikte Baytar Mekteb-i Âlîsi bünyesine katılmıştır. Baytar Mekteb-i Âlîsi ise 1933'te Yüksek Ziraat Enstitüsü Baytar Fakültesi'ne dahil edilmiştir. 1937'de yürürlüğe giren 3203 sayılı yasa ile "veteriner" sözcüğünün resmen kullanılmasının ardından okulun adı "Veteriner Fakültesi" olarak değiştirilmiştir.