Osmanlı Devleti'nde eczacılık öğretimi 1839 yılında başlamıştır. Orduya hekim yetiştirmek üzere 1827'de açılan Tıbhâne-yi Âmire verimsizliği sebebiyle 1839'da Mekteb-i Tıbbiye-yi Adliye-yi Şâhâne adı altında yeniden düzenlenmiş ve bu sırada tıp sınıfları yanında bir eczacı sınıfı da açılmıştır. Başlangıçta iki yıl olan öğretim süresi daha sonra üç yıla çıkartılmış buradan yılda 2-5 arasında eczacı mezun olmuş ve orduda görevlendirilmiştir.

Nizamnâme-i Eczacıyan der Memâlik-i Osmaniye (Osmanlı Ülkelerindeki Eczacıların Nizamnamesi) 1852'de yürürlüğe konularak eczaneler ve eczacılık öğretimi düzenlenmiştir. Buna göre eczacılık diploması olmayanlar eczane açamayacak ve mevcut diplomasız eczacılar da bir sınava girip izin belgesi alamadıkları takdirde mesleklerini sürdüremeyeceklerdir. Eczacı diploması almak isteyenler Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'ye başvurup giriş sınavını kazandıktan sonra üç yıl süreyle bir eczacının yanında çıraklık yapacaklar ve başarı belgesi aldıktan sonra okula geri dönerek derslere devam edeceklerdir. Üç yılın sonunda yapılan sınavı kazananlara "eczacı ustası" diploması verilecektir. Daha sonra bunlar birinci sınıf ve sınavla izin belgesi almış olanlar da ikinci sınıf veya permili eczacı olarak adlandırılmışlardır. 1862'de yeni bir eczacılık nizamnamesi çıkarılmış olmakla birlikte eczacılık öğretiminde temel olarak bir değişiklik olmamıştır.

Sivil hekim yetiştirmek üzere 1867 yılında öğretime başlayan Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'de de bir eczacı sınıfı açılmıştır. Daha sonra 1874'te Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'deki sivil eczacı sınıfı buraya devredilmiş olmakla birlikte askerî eczacılık sınıfında 1909'a kadar öğretim sürdürülmüştür. Bunun yanında Haydarpaşa Askerî Hastanesi'nde üç yıllık bir uygulamalı eczacılık sınıfı açılarak 1876-1896 yılları arasında orduya eczacı yetiştirilmiştir.

II. Meşrutiyet'in hemen ardından Dr. Cemil Topuzlu Paşa'nın (1866-1958) önderliğinde Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'de yapılan reform çalışmaları sonucunda 18 Kasım 1908'de okulun adı Tıp Fakültesi olmuş, okul Maarif Nezareti'ne bağlanmış ve eczacılık öğretim programında da önemli bazı değişiklikler yapılmıştır. Bu gelişmelerin ardından yaklaşık bir yıl sonra Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne Tıp Fakültesi'ne katılmış, yeni bir kadro yapılmış ve birçok öğretim üyesi de açıkta kalmıştır. Bu birleşmenin ardından Tıp Fakültesi Kadırga'daki binasını terkederek Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'nin Haydarpaşa'daki binasına taşınmıştır.

Askerî ve sivil tıbbiyelerin Tıp Fakültesi çatısı altında birleştirilmesi sırasında bunların eczacı sınıfları da birleştirilerek Tıp Fakültesi'ne bağlı Eczacı Mektebi kurulmuş ve Tıp Fakültesi'nin kuruluşu sırasında açıkta kalan öğretim üyelerinin bir bölümü bu okula atanmıştır. Eczacı Mektebi 5 Ekim 1909'da faaliyete geçmiştir. Bu sırada yeni kurulan Dişçi Mektebi ile Eczacı Mektebi ortak bir yönetim altında birleştirilerek başına müdür olarak açıkta kalmış öğretim üyelerinden Dr. Mustafa Münif Karaolçun (1855-1937) atanmıştır. Bu iki okulun ortak yönetimi 1933 yılına kadar sürmüştür. Her iki okul da Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye tarafından boşaltılmış olan Kadırga'daki Menemenli Mustafa Paşa Konağı'na yerleşmiştir. Eczacı Mektebi'nin kuruluşundan itibaren bu okulun Tıp Fakültesi'nden ayrılarak bağımsız bir okul olması konusundaki girişimler de başlamış, fakat bir netice alınamamıştır.

Eczacılık öğretim programı 1839 yılından başlayarak ve zaman içinde yeni dersler eklenerek gelişim göstermiş, Eczacı Mektebi'nin kuruluşundan sonra Paris Eczacı Okulu'nun programı temel alınmıştır. Bu kapsamda programa analitik kimya, farmakognozi ve toksikoloji dersleri konulmuştur.

Kadırga'daki onarılamayan eski binada öğretimin sürdürülmesi imkânsız duruma gelince yapılan girişimler sonucunda Beyazıt Meydanı'ndaki eski Jandarma Komutanlığı binası Dârülfünun'a devredilmiş ve yapılan onarımın ardından Dişçi ve Eczacı mektepleri 1926'da bu binaya taşınmıştır. Bu bina günümüzde Beyazıt Devlet Kütüphanesi tarafından kullanılmaktadır.

Üniversite reformu sırasında İstanbul Üniversitesi kurulurken Eczacı ve Dişçi mektepleri birbirinden ayrılmış, Dişçi Mektebi Tıp Fakültesi'ne bağlı kalırken Eczacı Mektebi adı Eczacı Okulu olarak değiştirilip Fen Fakültesi'ne bağlanmıştır. Bu dönüşüm sırasında Mehmet Akif Aykut dışındaki bütün öğretim elemanları kadro dışı bırakılmıştır. Başlangıçta Eczacı Okulu'nda Analitik Kimya ve Toksikoloji, Farmasötik Kimya, Farmakognozi ve Galenik Farmasi Enstitüsü olmak üzere dört enstitü kurulmuş ve geri kalan derslerin öğretimi Fen Fakültesi'nde yapılmaya başlanmıştır.

Eczacı Okulu'nun Fen Fakültesi'ne bağlanmasının ardından 1934-1935 eğitim öğretim yılında yeni bir yönetmelik ve ders programı yapılmıştır. Öğretim süresi 1938-1939 ders yılından itibaren dört yıla çıkartılmış ve yeni bir ders programı yapılmıştır. Okulun 1945'te Tıp Fakültesi'ne bağlanması üzerine yeni bir yönetmelik ve ders programı yapıldığı gibi 1946'da 4936 sayılı Üniversiteler Kanunu'nun çıkması üzerine yönetmelik ve program 1947'de yeni yasaya göre yeniden düzenlenmiştir.

Okul binasının yetersiz kalması üzerine Beyazıt'ta bulunan ve Askerî Tıbbiye olarak kullanılan bina 1952'de İstanbul Üniversitesi'ne devredilmiş ve altı yıl süren bir onarımın ardından Eczacı Okulu 1959'da günümüzde de İstanbul Üniversitesi Eczacılık Fakültesi'nin yerleşmiş olduğu bu binaya taşınmıştır. Eczacı Okulu için 1935-1955 yılları arasında yurt dışından dört yabancı profesör getirtilmiştir.

Gerek Eczacı Mektebi öğretim üyelerinin gerekse meslek mensuplarının sürekli istek ve girişimleri sonucunda Tıp Fakültesi Profesörler Kurulu tarafından 4 Şubat 1961 tarihinde Eczacı Okulu'nun Eczacılık Fakültesi'ne dönüştürülmesi kararı alınmış ve gerekli işlemlerin tamamlanmasının ardından Eczacılık Fakültesi Profesörler Kurulu'nun 17 Ekim 1963 tarihinde yaptığı toplantıda dekanlığa Turhan Baytop'un seçilmesi ile Eczacılık Fakültesi resmen faaliyete geçmiştir. Bu tarihten itibaren ülkenin farklı üniversitelerinde eczacılık fakülteleri açılmaya başlamıştır.